La Congrégation des Sœurs de Saint-Joseph est née officiellement en 1650 en France, à Puy-en-Velay, à la suite de la rencontre du projet du père jésuite Jean-Pierre Medaille avec le désir de six jeunes femmes de vivre une vie chrétienne radicale au milieu du monde et pas dans l'isolement, comme il le faisait à l'époque. Le père Medaille était un "missionnaire" et, pendant ses prédications dans les campagnes françaises, il a constaté à quel point la situation
de la population était misérable, déchirée par les luttes entre la noblesse et la monarchie, après avoir lutté contre les guerres de religion entre catholiques et huguenots. Nous devions prendre soin des malades et des orphelins, mais aussi apporter paix et réconfort aux cœurs exacerbés.
Selon le "petit dessein" que portait le père Medaille dans son cœur, les sœurs devaient devenir des "semi" génératrices de communion, à travers un service humble et simple adressé à tous et en premier lieu aux plus faibles.
La force et le modèle de leur vie de consécration l'auraient trouvée dans l'Eucharistie, "pain rompu pour le salut du monde". Ils auraient vécu dans de petites communautés, placés dans des hôpitaux ou des orphelinats, essayant de recréer l'atmosphère de la Sainte Famille et servant les autres avec l'amour simple mais généreux et concret de saint Joseph.
Cette nouvelle façon de vivre la vie religieuse au milieu des gens répondait tellement aux besoins spirituels de l’époque que de très petites communautés de moniales se formèrent dans toute la France, autonomes les unes des autres afin d’être plus flexibles. La révolution de 1789 semblait mettre un terme à cet élan: les religieuses étaient dispersées, arrêtées, certaines guillotinées. Mais le "petit dessin" a refusé, grâce à la mère Saint Jean Fontbonne, qui avait échappé à la potence le jour de la chute de Robespierre, qui s'était retrouvé à Lyon autour de lui, souhaitant revivre le projet du père Médaille et bientôt ils ont essaimé à travers le monde.